Kóralrifin eru í hættu hvegna olíu og eiturefna sem berast út í sjó. Þessi eftni geta verði bannvæn fyrir kóraldýrum. Mikil ógn stafar að því að höfin eru að hlína og það skaðar kóralrifin. Þeim er líka ógnað af ofveiði og loftlagabreytingum.
Stærsta kóralrif í heimi er að deyja af manna völdum. Þetta kóralrif er í Ástralíu. Það er um 2.000 km á lengd og yfir 140 km á breidd og er eitt tegundaauðugasta vistkerfi Jarðar því kóralrifin sjálf eru heimili ótal margra tegunda af sjávarlífverum. 30% kóralla hafa dáið í þessu kóralrifi.
Hawaii stefinr á að banna margar tegundir af sólarvörn til þess að vernda kóralrifin.